全世界的咖啡属植物大约有60多种，人工栽培用于制作咖啡的只有25种，其中用作商品咖啡的只有4种：大果咖啡（Coffea liberica）、中果咖啡（Coffea canephora）、小果咖啡（Coffea arabica）和高产咖啡（Coffea dewevrei），这些是植物学上的学名。
目前世界上的咖啡从豆子的品种上分为四大类：阿拉比卡（Arabica）、罗布斯塔（Robusta）、Liberica（产于利比里亚）、Esliaca（产于苏丹）。其中Arabica阿拉比卡和Robusta罗布斯塔具有商业价值且大量被栽种，也是国际市场最主要交易的咖啡豆；而后两种豆子在国际上不常见。
阿拉比卡（Arabica），是传统的咖啡品种。原产于东非，在公元15世纪以前，咖啡长期被阿拉伯世界所垄断，因此被欧洲人称为“阿拉伯咖啡”。被公认为最良品种，起初仅种植于喀麦隆和几内亚高原，后引入拉丁美洲和亚洲。
原来世界上的商品咖啡都是小果咖啡，只是到了19世纪末，发生了一次大面积的病害，种植者才开始寻找其他抗病的品种，目前小果咖啡仍然是主要的咖啡品种，约占世界咖啡总产量的3/4。主要在拉丁美洲各国种植，也有部分在印度尼西亚和太平洋岛屿种植。目前世界较大的咖啡产地巴西的地理气候条件非常适合小果咖啡的生长，种植的主要咖啡品种也是小果咖啡，巴西的咖啡产量占世界总产量的1/3以上。
小果咖啡的果实比中果咖啡和大果咖啡要小，浆果椭圆型，一般内有两粒种子，即所谓的“咖啡豆”。小果咖啡适合生长温度为20℃左右、海拔600米富含矿物质的火山地质土壤生长。
中果咖啡：又称甘弗拉种，原产地在中非。它的变种之一罗布斯塔（Coffea robusta），是世界咖啡生产的第二大品种，占世界咖啡产量的20%左右。中果咖啡的浆果较小果咖啡大但比大果咖啡小，抗病害的能力强，适合在海拔200-300米的热带气候中生长，含咖啡因浓度高，约为2%-4%，但入口有酸、涩味，主要在印度尼西亚、印度、乌干达等一些热带国家种植。其耐病能力和产果率更高，能栽培于小果咖啡无法生存的湿热地区，主要用来大型咖啡工业生产速溶咖啡及作为综合咖啡的调配。
大果咖啡：亦称利比里亚咖啡，原产地是利比里亚，主要在非洲利比里亚、科特迪瓦、马达加斯加种植，耐性很强，但质量较差。抗虫害、适合高温潮湿气候的品种，其浆果和种子都要比小果咖啡大到近两倍，香味浓郁，但味淡，一般北欧人比较喜欢这种咖啡。
